Học viện Chính trị khu vực IV được thành lập và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 18/04/2006. Ngày đầu thành lập, chỉ có 03 đồng chí trong Ban Giám đốc, TS. Phạm Đình Huỳnh, nguyên Phó Giám đốc Học viện Báo chí và Tuyên truyền, được điều động và bổ nhiệm làm Giám đốc. Trụ sở tạm thời đặt tại khu 201 Lê Hồng Phong, phường Bình Thủy, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ.

Học viện Chính trị khu vực IV đổi tên thành Học viện Chính trị - Hành chính khu vực IV theo Quyết định số 42/QĐ-HVCT-HCQG ngày 02/01/2008 của Giám đốc Học viện Chính trị - Hành chính quốc gia Hồ Chí Minh.

Tháng 01/2009, Học viện Chính trị - Hành chính khu vực IV chuyển trụ sở về địa chỉ 154A/14 đường Trần Quang Diệu, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ.

Ngày 29/4/2011, lễ khởi công xây dựng trụ sở Học viện Chính trị - Hành chính khu vực IV (giai đoạn I) được long trọng tổ chức. Năm 2012, Học viện Chính trị - Hành chính khu vực IV chuyển về làm việc tại trụ sở chính thức số 06 - Nguyễn Văn Cừ (nối dài), phường An Bình, quận Ninh Kiều, thành phố Cần Thơ. Đến ngày 18/02/2014, chuyển thành Học viện Chính trị khu vực IV theo Quyết định số 547/QĐ-HVCTQG của Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh.